gitlab.pasteur.fr
bneron/craw
Compute RNA expression around a reference position
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bruker/centos7
TopSpin on CentOs-7
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haisslab/data-management/ONE
One is the interaction layer between the Alyx database (metadatas) and your programmatic interface (python).
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iah-public/invert-transform-bunwarpj
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statistical-genetics/PaintorPrep
scripts to prepare gwas data for using PAINTOR (https://github.com/gkichaev/PAINTOR_V3.0)
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bia/roi-to-detection
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bia/tensorflow-manager
The TensorFlow library manager plugin. This plugin allows users to choose the TF version to be used on runtime
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adavidov/inferencelnakf
Parameter inference using filtered linear noise approximation algorithm for likelihood calculation.
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bia/kymograph-tracker
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bia/jocl
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bia/kinect-driver
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bia/channel-montage
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tru/singularity-docker-busybox
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bia/mice-profiler-tracker
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bia/rsyntaxtextarea-for-icy
RSyntaxTextArea library for Icy. Badically it provides a TextArea component with syntax highlight for different languages.
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bia/math-operation
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tru/ISB2019
EMBO Course on Integrative Structural Biology 2019 http://meetings.embo.org/event/19-structural-biology
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bia/apache-poi
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bia/jama-for-icy
Jama Matrix Package library for Icy
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bia/icy-insubstantial
Insubstantial project (https://github.com/Insubstantial) clone for Icy (fixes + minors customizations). Previous version of the repository can be found at https://github.com/Icy-imaging/Icy-Insubstantial
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dbikard/badSeed_public
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statistical-genetics/jass_suite_pipeline
A nextflow pipeline to analyze GWAS Summary Statistics with JASS. The pipeline execute: - clean and harmonize data with jass_preprocessing - if specified impute data with RAISS - create input data for JASS - analyse group of trait with jass
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tru/BGA2019
Bioinformatics and Genome Analyses 2019 - http://meetings.embo.org/event/19-genome-analyses Program at https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGA2019/BCGA2019_Prog.html Previous events: http://webext.pasteur.fr/tekaia/BGA_courses.html
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bli/qaf_demux
Quality-aware fastq demultiplexer. The goal is to demultiplex fastq files where the barcode is contained in the read at a known position.
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gmillot/little_bash_functions
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bia/matlab-communicator
Low-level functions for interactive communication between Icy and Matlab.
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statistical-genetics/manocca
MANOCCA test is based on covariance. This project implements MANOCCA, MANOVA and provides an simulation environment and an explainer.
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aaristov/multichip-snakemake
Process the droplet chips using snakemake pipelines.
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bia/draw-sphere-vtk
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bia/apache-commons-lang
The Apache Commons Lang Library for Icy
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hub/PHINDaccess_FUNOMICs
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gitlab-tools/container-scanning
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InDeep/InDeep
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tbigot/viruspop
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haisslab/analysis-packages/how-to-start
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tru/micromamba-py310-pytorch-cuda11.7
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bli/libdeseq
Some helpers to call DESeq2 using rpy2 in python.
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hmenager/django-diu
Django Data Import Utilities
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mdm-lab/wiki
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bia/apache-httpclient
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gmillot/slivar_vcf_extraction
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iah-public/2d-frames-registration-with-bunwarpj
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bli/libcelegans
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hub/BioinfOMICs
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mouselab/stuart
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gmillot/cnr_curation
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svolant/ptc-screening
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ida-public/zellige-core
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hub/viralhostrangedb
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statistical-genetics/wiki
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plechat/KronaR
add Krona to Shiny
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mdm-lab/defense-finder-wiki
Defense Finder is a tool that automatically detect known defense systems in prokaryotic genomes. The Defense Finder Wiki aims at gathering and synthesize scientific knowledge regarding defense systems.
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tru/miniconda3-python310-pytorch-cuda11.7-nightly
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rchikhi_pasteur/erc-unitigs-poc
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tru/singularity-miniconda3-jupyter
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tru/catgumag-alphafold
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mmmi-pasteur/covid19-departmental-model
Repository containing data for the paper by Paireau et al. "Impact of non-pharmaceutical interventions, weather, vaccination, and variants on COVID-19 transmission across departments in France"
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rchikhi_pasteur/serratus-palmfold
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bia/graaljs-for-icy
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bia/matlab-importer
Import Matlab *.mat files as sequences in Icy
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tru/af2complex
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plechat/syntviewjs
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jdreo/paradiseo
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tru/masterclass-22-17
PLUMED Masterclass 22.17
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clinhard/GeneAppliGitLab
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mgarcia/Core-Genome-EPA
Project Testing for the Core-Genome EPA scripts Checking for problems with dependencies, code bugs, and other problems that might have been unseen
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tru/miniconda3-python310-pytorch-cuda11.7
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dbikard/genomenotebook
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hub/shiny-k8s
https://hub.pages.pasteur.fr/shiny-k8s/
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mmmi-pasteur/wallisandfutuna
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hub/chipflowr
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iah-public/20241008_remote_python_bioimage_analysis_course_day2
Remote bio-image analysis course with python. Website: https://iah-public.pages.pasteur.fr/20241008_remote_python_bioimage_analysis_course_day2
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iah-public/TrackingPerformance
Tools to measure tracking performance with the ISBI Challenge on Single-Particle Tracking metrics. I adapted and copied code from by N. Chenouard, F. De Chaumon and S. Dallongeville so that it can run in batch and without Icy.
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mdm-lab/classes/defensefinder_qlife_2024
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mdm-lab/website
[](https://archive.softwareheritage.org/browse/origin/?origin_url=https://gitlab.pasteur.fr/mdm-lab/website)
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nyx/MaggotUBA-adapter
Interface between MaggotUBA and the Nyx tagging UI
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haisslab/data-management/alyx
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haisslab/analysis-packages/Inflow
General python code for analysis pipeline
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iah-public/hpyloridegradosomeanalysis
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iah-public/CellContactAnalyzer
A Fiji tool to detect, track and analyze cell-to-cell contacts. First reported in Samassa et al., 2020, "Shigella impairs human T lymphocyte responsiveness by hijacking actin cytoskeleton dynamics and TCR vesicular trafficking"
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ida-public/dnabarcodecompatibility
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ida-public/musical-success
Billboard 200: The lessons of musical success in the US
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hub/django-autocomplete-multi-models
An app that index word used in text field across multiple model, and expose them to be searched.
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mmmi-pasteur/covidonneur
Codes and Data for the paper “SARS-CoV-2 IgG seroprevalence surveys in blood donors before the vaccination campaign, France 2020-2021”.
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mmmi-pasteur/sars-cov-2-epidemics-in-partially-vaccinated-populations
Repository containing code and data for the paper by Bosetti et al. "Epidemiology and control of SARS-CoV-2 epidemics in partially vaccinated populations: a modeling study applied to France"
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mmmi-pasteur/covidvaccinationstrategies-france
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bia/ring-roi
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bia/jfree-common
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bia/cs-denoising
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haisslab/setup-designs/tubes_rotator
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haisslab/setups_code/sensapex_motion_control
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haisslab/projects_analyses/notebook_tutorials
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iah-public/2024_swistak_et_al_code
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iah-public/ltravier_brain-ventricles-volume-measurement
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